隨著時代科技的進步，許多文書資料都已經數位化，數位證據的蒐集已經成為刑事案件的重要課題，尤其在營業秘密案件，更顯重要。觀察近年來法院就營業秘密案件的刑度是越判越重，行政院於2022年2月公告的國安法草案，甚至將刑度提高到12年！犯罪調查單位對於數位證據處理的態度，是否符合此類重大案件的要求，殊堪質疑。

首先，我們都知道數位證據是由機器所產生，檔案之建立、修改都會留下軌跡，但不容否認的，數位證據要變造也並非難事。例如數位證據沒有筆跡等類似跡證，難以知道誰是檔案真正的建立者，無法排除電腦裡面的檔案其實是由電腦持有人以外的人所建立。又數位證據是否經過增刪修改，或許可以從檔案的建立、修改、存取等Metadata資訊查出端倪，但電腦所自動產生的Metadata資訊，亦非不得透過其他軟體來變造，如果檔案建立時間與案情具有重大關係，可能會影響法院對事情發生經過的判斷。此外，數位資料在刪除後仍可以輕易回復，且與原有的檔案內容沒有差別，因之如果是以刪除後回復的檔案，來指控被告違反營業秘密法第13-1條第1項第3款「持有營業秘密，經營業秘密所有人告知應刪除、銷毀後，不為刪除、銷毀或隱匿該營業秘密者」，也是大有問題。

正因為數位證據有以上缺點，刑事局或調查局對於數位證據的蒐證均有嚴格規範。例如：不可以在扣案電腦儲存資料、要馬上封緘、全程攝影或拍照，然後送實驗室製作複本、使用複本進行分析等，以確保數位證據在整個調查過程不受污染，避免影響證據同一性之認定。

可是我們在營業秘密案件看到的真實案例卻是，調查人員使用受搜索人的電腦，去下載公司資料庫檔案，而在前幾日，調查人員也曾使用另一位受搜索的人電腦，去連結下載公司資料庫檔案。如此一來，兩位受搜索人的電腦、公司資料庫檔案，某種程度已經混在一起，無法分辨告訴人指控遭竊取之A檔案，究竟是存在哪一個裝置裡面，也就沒有辦法辨識哪些人曾經持有A檔案。此外，調查人員搜索的過程中，不是沒有錄影，就是朝著筆電的背面錄影，辯護人根本無法了解調查人員對於扣案電腦曾經進行哪些操作;甚至在扣案電腦送實驗室鑑識分析前，調查人員就任意開啟電腦，讀取檔案，忽視電磁紀錄容易遭破壞之特性。凡此種種，均已違反刑事局或調查局內部蒐證規範。

觀察實務判決對於數位證據之蒐證過程，顯少予以著墨，原本期待法院能重視這樣的程序瑕疵，排除污染證據之證據能力，為數位證據的蒐證程序樹立良好典範，但很可惜的，多數判決還是會採用污染的證據來認定被告犯罪。有案例更為離譜，即使是受搜索之被告已將其扣案筆電送鑑定，證明電腦中的檔案是搜索當天才建立，其筆電從來沒有存取過告訴人控訴之檔案的紀錄，法院仍未排除該項證據之證據能力。或許正是因為法院對於數位證據的蒐證程序沒有嚴格要求，調查人員才會一而再、再而三的忽視內部蒐證規範，被告權益蕩然無存。

無論是一般證物或數位證物的蒐證，相關調查單位均有完整的蒐證規範，只是第一線的執法人員能否落實，承辦案件的檢察官、法官能否設身處地認真思考違法蒐證對被告權利的影響，都值得檢討。